商標注冊申請過程中還會出現以下特殊程序：

一、異議程序

（一）什么是商標異議？
商標異議是《商標法》及其實施條例中明確規定的，對初步審定的商標公開征求公眾意見的法律程序，其目的在于公正、公平、公開的進行商標確權工作，提高商標注冊審查質量。
　 商標異議的內容范圍很廣，既包括初步審定的商標與申請在先的商標相同或近似，也包括初步審定的商標違反了《商標法》的禁用條款或商標不具顯著性，還包括申請人不具備申請資格等。
提出商標異議的可以是任何人，即：既可以是商標注冊人，也可以是非商標注冊人，既可以是企業、事業單位，也可以是個人，既可以是法人，也可以是非法人。

（二）、異議的手續：
填寫《商標異議書》，填好被異議商標的名稱、商品類別、初步審定號、初步審定公告期號、提出異議的理由。如認為被異議的商標與本異議人已注冊的使用在相同或類似商品的商標相同或近似的，還應填寫異議人注冊商標的商品類別、商標名稱、注冊號等。
（三）、異議處理程序：
1、 商標局收到異議書及有關證據后，將異議書副本寄達被異議人商標注冊申請人，被異議人應在收到異議書之日起十五天內作出書面答辯。被異議人在限期內未作出答辯的視為棄權，不影響異議程序進行。
2、商標局對異議人和被異議人所提出的事實與理由，經過調查核實研究后，作出異議裁定。

（四）、異議裁定結果：
商標局在作出異議裁定后要將異議裁定書寄給異議人與被異議人。異議裁定有兩種結果。
1、異議理由不能成立，后經初步審定的商標予以注冊；
2、異議理由充分，異議成立，原初步審定的商標不予注冊。
但是如果異議當事人中任何一方是議裁定不服， 可在收到異議裁通知書日起十五天內，向商標評審委員會申請商標異復審，商標申請注冊轉入申請商標異議定審階段。

二、商標爭議程序 
（一）、 什么是商標爭議
商標爭議是指對已經注冊的商標爭議，即兩個注冊商標所有人之間因兩商標相同或近似所產生的商標權利的爭端。
商標爭議的實質是爭議人認為在后注冊的商標，與其在先注冊的商標權益發生沖突，即與其在同種商品或者類似商品上注冊在先的商標相同或近似，或者已經在市場上引起消費者的誤認，因而提出限制該商標使用商品范圍或者撤銷商標注冊。
申請商標爭議必須具有以下三個條件：申請爭議的人必須是商標注冊人，而且商標標準注冊的日期先于被爭議人商標標準注冊的日期；爭議的兩個注冊商標核定的商品必須是同種商品或類似商品；爭議的兩個注冊商標核準的圖形、文字或其組合必須是相同或者是近似的。 

（二）、評審程序
符合《商標法》第四十一條規定的，可以提出注冊商標爭議申請。但是，對于核準注冊前已經提出異議并經過裁定的商標，不得再以相同的事實和理由申請爭議裁定。如果有新的事實和理由，還可以申請爭議裁定。商標爭議評審程序如下： 
首先，申請人須依商標法及其實施條例之規定，向商標評審委員會提出《注冊商標爭議裁定申請書》一式兩份，提出爭議理由。 
商標評審委員會將《注冊商標爭議裁定申請書》副本交被爭議人，并限期答辯。答辯以書面形式進行。必要時，可以要求爭議當事人雙方公開答辯。

（三）、爭議裁定 
商標評審委員會充分聽取當事人雙方的理由和事實，依據事實和法律規定作出裁定。爭議理由成立，撤銷被爭議的商標；爭議理由不能成立，維持被爭議的商標。 
商標評審委員會做出維持或撤消注冊商標的裁定后，應當書面通知有關當事人。當事人對商標評審委員會的裁定不服的，可以自收到通知之日起三十日內向人民法院起訴。


、商標訴訟 
一、商標訴訟的提起人
是指有權向人民法院提起請求保護商標權利的權利人。 
依據《中華人民共和國商標法》規定，有權向人民法院提起商標訴訟的是指商標注冊人或者利害關系人。 
商標注冊人，是指經申請，被中華人民共和國商標局核準的商標權所有人。 
與商標權有關的利害關系人，是指經與注冊商標所有人簽訂注冊商標使用合同的注冊商標使用人、注冊商標財產的合法繼承人。

二、商標注冊人或者利害關系人在下列被侵權的情況下可以向人民法院提起訴訟： 
1、 未經權利人許可，在同一種商品或者類似商品上使用與其注冊商標相同或者近似的商標；
2、 銷售侵犯權利人注冊商標專用權的商品； 
3、 偽造、擅自制造權利人注冊商標標識或者銷售偽造、擅自制造權利人的注冊商標標識； 
4、 未經權利人同意，更換其注冊商標并將該更換商標的商品投入市場； 
5、 給權利人注冊商標專用權造成其他損失。 

三、起訴方式
商標注冊人或者利害關系人向人民法院起訴，可以單獨起訴，也可以共同起訴。 
《最高人民法院關于審理商標民事糾紛案件適用法律若干問題的解釋》指出：“在發生注冊商標專用權被侵犯時，獨占使用許可合同的被許可人可以向人民法院提起訴訟，排他使用許可合同的被許可人可以和商標注冊人共同起訴，也可以在商標注冊人不起訴的情況下，自行提起訴訟；普通使用許可合同的被許可人可經商標注冊人授權，可以提起訴訟。